Haydar Aliyev, iç çekişmelerden sonra Azerbaycan Cumhuriyeti'nin üçüncü cumhurbaşkanı oldu. Cumhurbaşkanlığı döneminde Azerbaycan'da siyasi durum kötü ve zordu. Zira onun başkanlığı döneminde Ermeniler, Rusya'nın yardımıyla Karabağ'ı işgal etmiş, İran ise Azerbaycan Cumhuriyeti'nin güneyinde Taliş Muğan Cumhuriyeti'ni kurmak istemişti.Bu olaylarla birlikte yaşanan Gence isyanında ise Azerbaycan'ın devletliği sorgulanmıştı. ülkede. Haydar Aliyev iç savaşta ülkeyi ilk olarak Gence isyanını bastırarak kurtardı. İran destekli Taliş Muğan Cumhuriyeti'nin kurulmasını da engelledi. 1994 yılında Ermeni saldırganlığını önlemek için Bişkek'te ateşkes imzalandı ve Ermeniler Murovdağ operasyonuyla müzakere masasına oturdu. Böylece Azerbaycan'ı çok zor bir siyasi durumdan kurtarmayı başardı. Ne yazık ki Haydar ALİYEV 2003 yılında tedavi gördüğü hastanede hayatını kaybetti. Huzur içinde yatsın